Kalkulator Kandungan GC

Tentang alat ini

Tempelkan sekuens DNA atau RNA untuk mengukur komposisi basanya. Sekuens diubah ke huruf besar dan dikurangi menjadi A, C, G, T dan U, lalu setiap basa dihitung. Semuanya dihitung secara lokal di peramban Anda.

Kandungan GC adalah fraksi basa yang berupa guanin atau sitosin: GC% = (G + C) / total × 100. Kandungan AT sederhananya adalah 100 − GC%. Skew GC, yang didefinisikan sebagai (G − C) / (G + C), menunjukkan bias untai dan sering digunakan untuk menemukan titik asal replikasi. Jumlah basa dan panjang total dilaporkan bersama angka-angka ini.

Ukuran jendela opsional membagi sekuens menjadi segmen berurutan dan mencantumkan GC% lokal masing-masing, yang membantu Anda mengenali wilayah kaya GC atau miskin GC. Misalnya sekuens GGCC adalah 100% GC, sementara sekuens seimbang berada di sekitar 50%.

Pertanyaan yang sering diajukan

Bagaimana kandungan GC dihitung?

Ini adalah jumlah basa G dan C dibagi jumlah total basa, dinyatakan sebagai persentase: GC% = (G + C) / panjang × 100. Kandungan AT adalah sisa 100 − GC%.

Apa itu skew GC?

Skew GC adalah (G − C) / (G + C). Nilai di atas nol berarti lebih banyak guanin daripada sitosin pada untai itu; ini umum digunakan untuk membantu mengidentifikasi titik asal dan terminal replikasi.

Apa fungsi ukuran jendela?

Ini membagi sekuens menjadi blok berurutan dengan panjang tersebut dan melaporkan GC% masing-masing blok, sehingga Anda dapat melihat bagaimana kandungan GC bervariasi di sepanjang sekuens.

Apakah alat ini bekerja untuk RNA?

Ya. Urasil (U) dihitung bersama timin (T), sehingga sekuens RNA dan DNA keduanya memberikan persentase GC dan AT yang benar.

Tentang alat ini

Pertanyaan yang sering diajukan

Alat lainnya