เกี่ยวกับเครื่องมือนี้
วางลำดับ DNA หรือ RNA เพื่อวัดองค์ประกอบเบส ลำดับจะถูกแปลงเป็นตัวพิมพ์ใหญ่และลดเหลือ A, C, G, T และ U จากนั้นจึงนับแต่ละเบส ทุกอย่างคำนวณในเบราว์เซอร์ของคุณ
ปริมาณ GC คือสัดส่วนของเบสที่เป็นกัวนีนหรือไซโทซีน: GC% = (G + C) / รวม × 100 ปริมาณ AT ก็คือ 100 − GC% ค่า GC skew ซึ่งนิยามว่า (G − C) / (G + C) บ่งบอกความลำเอียงของสายและมักใช้เพื่อระบุตำแหน่งจุดเริ่มต้นการจำลอง จำนวนเบสและความยาวรวมจะถูกรายงานควบคู่ไปกับค่าเหล่านี้
ขนาดหน้าต่างที่เป็นตัวเลือกจะแบ่งลำดับออกเป็นส่วนย่อยต่อเนื่องและแสดง GC% เฉพาะที่ของแต่ละส่วน ซึ่งช่วยให้คุณสังเกตบริเวณที่มี GC มากหรือน้อย ตัวอย่างเช่น ลำดับ GGCC มี GC 100% ในขณะที่ลำดับที่สมดุลจะอยู่ใกล้ 50%
คำถามที่พบบ่อย
ปริมาณ GC คำนวณอย่างไร?
คือจำนวนเบส G และ C หารด้วยจำนวนเบสทั้งหมด แสดงเป็นเปอร์เซ็นต์: GC% = (G + C) / ความยาว × 100 ปริมาณ AT คือส่วนที่เหลือ 100 − GC%
GC skew คืออะไร?
GC skew คือ (G − C) / (G + C) ค่าที่มากกว่าศูนย์หมายถึงมีกัวนีนมากกว่าไซโทซีนบนสายนั้น มักใช้เพื่อช่วยระบุจุดเริ่มต้นและจุดสิ้นสุดของการจำลอง
ขนาดหน้าต่างทำอะไร?
มันแบ่งลำดับออกเป็นบล็อกต่อเนื่องขนาดตามที่กำหนดและรายงาน GC% ของแต่ละบล็อก เพื่อให้คุณเห็นว่าปริมาณ GC เปลี่ยนแปลงไปตามลำดับอย่างไร
ใช้กับ RNA ได้หรือไม่?
ได้ ยูราซิล (U) จะถูกนับรวมกับไทมีน (T) ดังนั้นลำดับทั้ง RNA และ DNA จึงให้เปอร์เซ็นต์ GC และ AT ที่ถูกต้อง