GC İçeriği Hesaplayıcı

Bu araç hakkında

Baz bileşimini ölçmek için bir DNA veya RNA dizisi yapıştırın. Dizi büyük harfe çevrilir ve A, C, G, T ve U'ya indirgenir, ardından her baz sayılır. Her şey tarayıcınızda yerel olarak hesaplanır.

GC içeriği, guanin veya sitozin olan bazların oranıdır: GC% = (G + C) / toplam × 100. AT içeriği ise basitçe 100 − GC%'tir. (G − C) / (G + C) olarak tanımlanan GC eğrisi, iplik yanlılığını gösterir ve genellikle replikasyon başlangıç noktalarını bulmak için kullanılır. Baz sayımları ve toplam uzunluk bu değerlerin yanında bildirilir.

İsteğe bağlı bir pencere boyutu, diziyi ardışık parçalara böler ve her birinin yerel GC%'sini listeler; bu, GC bakımından zengin veya fakir bölgeleri saptamanıza yardımcı olur. Örneğin GGCC dizisi %100 GC'dir, dengeli bir dizi ise %50'ye yakındır.

Sık sorulan sorular

GC içeriği nasıl hesaplanır?

Toplam baz sayısına bölünen G ve C bazlarının sayısıdır ve yüzde olarak ifade edilir: GC% = (G + C) / uzunluk × 100. AT içeriği kalan 100 − GC%'tir.

GC eğrisi nedir?

GC eğrisi (G − C) / (G + C)'dir. Sıfırın üzerindeki bir değer, o iplikte sitozinden daha fazla guanin olduğu anlamına gelir; genellikle replikasyon başlangıç ve bitiş noktalarını belirlemeye yardımcı olmak için kullanılır.

Pencere boyutu ne işe yarar?

Diziyi o uzunlukta ardışık bloklara böler ve her bloğun GC%'sini bildirir, böylece GC içeriğinin dizi boyunca nasıl değiştiğini görebilirsiniz.

RNA için çalışır mı?

Evet. Urasil (U), timin (T) ile birlikte sayılır, bu yüzden hem RNA hem de DNA dizileri doğru GC ve AT yüzdeleri verir.

Bu araç hakkında

Sık sorulan sorular

Daha fazla araç