Kalkulator zawartości GC

O tym narzędziu

Wklej sekwencję DNA lub RNA, aby zmierzyć jej skład zasad. Sekwencja jest zamieniana na wielkie litery i redukowana do A, C, G, T i U, a następnie każda zasada jest zliczana. Wszystko jest obliczane lokalnie w Twojej przeglądarce.

Zawartość GC to ułamek zasad będących guaniną lub cytozyną: GC% = (G + C) / suma × 100. Zawartość AT to po prostu 100 − GC%. Skośność GC, definiowana jako (G − C) / (G + C), wskazuje na tendencyjność nici i jest często używana do lokalizowania miejsc początku replikacji. Liczby zasad i całkowita długość są raportowane obok tych wartości.

Opcjonalny rozmiar okna dzieli sekwencję na kolejne segmenty i podaje lokalne GC% każdego z nich, co pomaga wychwycić regiony bogate lub ubogie w GC. Na przykład sekwencja GGCC ma 100% GC, podczas gdy zrównoważona sekwencja jest bliska 50%.

Najczęściej zadawane pytania

Jak obliczana jest zawartość GC?

To liczba zasad G i C podzielona przez całkowitą liczbę zasad, wyrażona jako procent: GC% = (G + C) / długość × 100. Zawartość AT to pozostałe 100 − GC%.

Czym jest skośność GC?

Skośność GC to (G − C) / (G + C). Wartość powyżej zera oznacza więcej guaniny niż cytozyny na tej nici; jest powszechnie używana do identyfikacji miejsc początku i końca replikacji.

Co robi rozmiar okna?

Dzieli sekwencję na kolejne bloki o tej długości i podaje GC% każdego bloku, dzięki czemu widać, jak zawartość GC zmienia się wzdłuż sekwencji.

Czy działa dla RNA?

Tak. Uracyl (U) jest liczony razem z tyminą (T), więc zarówno sekwencje RNA, jak i DNA dają poprawne wartości procentowe GC i AT.

O tym narzędziu

Najczęściej zadawane pytania

Więcej narzędzi