O tym narzędziu
Kalkulator masy cząsteczkowej i pI białka to darmowe narzędzie działające w przeglądarce, które oblicza masę cząsteczkową i teoretyczny punkt izoelektryczny białka lub peptydu z jego jednoliterowej sekwencji aminokwasów. Wklej sekwencję, a zwróci masę w daltonach i kilodaltonach, długość w resztach, szacowane pI oraz skład aminokwasowy. Wszystkie obliczenia odbywają się lokalnie w Twojej przeglądarce, a sekwencja nigdy nie jest nigdzie wysyłana.
Masa cząsteczkowa to suma 20 standardowych średnich mas reszt (na przykład Ala 71.08, Gly 57.05, Trp 186.21 Da) plus 18.02 Da wody dla wolnych końców N i C. Punkt izoelektryczny znajdowany jest przez zapisanie ładunku netto jako funkcji pH równaniem Hendersona–Hasselbalcha dla grup jonizowalnych — końca N, końca C oraz łańcuchów bocznych Asp, Glu, Cys, Tyr, His, Lys i Arg — przy użyciu standardowych wartości pKa, a następnie bisekcję pH między 0 a 14, aż ładunek netto przejdzie przez zero.
Grupy dodatnie (koniec N, His, Lys, Arg) wnoszą 1/(1+10^(pH−pKa)), a grupy ujemne (koniec C, Asp, Glu, Cys, Tyr) wnoszą −1/(1+10^(pKa−pH)). pI to teoretyczne oszacowanie; rzeczywiste wartości przesuwają się wraz z temperaturą, siłą jonową i modyfikacjami potranslacyjnymi, których ta metoda oparta wyłącznie na sekwencji nie modeluje.