Об этом инструменте
Калькулятор молекулярной массы и pI белка — это бесплатный браузерный инструмент, который вычисляет молекулярную массу и теоретическую изоэлектрическую точку белка или пептида по его однобуквенной аминокислотной последовательности. Вставьте последовательность, и он вернёт массу в дальтонах и килодальтонах, длину в остатках, оценённую pI и аминокислотный состав. Все вычисления происходят локально в вашем браузере, и последовательность никогда никуда не отправляется.
Молекулярная масса — это сумма 20 стандартных средних масс остатков (например, Ala 71.08, Gly 57.05, Trp 186.21 Da) плюс 18.02 Da воды для свободных N- и C-концов. Изоэлектрическая точка находится путём записи чистого заряда как функции pH с уравнением Хендерсона–Хассельбаха по ионизируемым группам — N-конец, C-конец и боковые цепи Asp, Glu, Cys, Tyr, His, Lys и Arg — с использованием стандартных значений pKa, а затем деления pH пополам между 0 и 14, пока чистый заряд не пересечёт ноль.
Положительные группы (N-конец, His, Lys, Arg) вносят 1/(1+10^(pH−pKa)), а отрицательные группы (C-конец, Asp, Glu, Cys, Tyr) вносят −1/(1+10^(pKa−pH)). pI — это теоретическая оценка; реальные значения смещаются с температурой, ионной силой и посттрансляционными модификациями, которые этот метод, основанный только на последовательности, не моделирует.