À propos de cet outil
Le calculateur de masse moléculaire et de pI d'une protéine est un outil gratuit, dans le navigateur, qui calcule la masse moléculaire et le point isoélectrique théorique d'une protéine ou d'un peptide à partir de sa séquence d'acides aminés à une lettre. Collez la séquence et il renvoie la masse en daltons et kilodaltons, la longueur en résidus, le pI estimé et la composition en acides aminés. Tout le calcul se fait localement dans votre navigateur et la séquence n'est jamais envoyée nulle part.
La masse moléculaire est la somme des 20 masses moyennes de résidus standard (par exemple Ala 71,08, Gly 57,05, Trp 186,21 Da) plus 18,02 Da d'eau pour les extrémités N- et C-terminales libres. Le point isoélectrique est trouvé en écrivant la charge nette en fonction du pH avec l'équation de Henderson–Hasselbalch sur les groupes ionisables — l'extrémité N-terminale, l'extrémité C-terminale, et les chaînes latérales d'Asp, Glu, Cys, Tyr, His, Lys et Arg — à l'aide des valeurs de pKa standard, puis en bissectant le pH entre 0 et 14 jusqu'à ce que la charge nette traverse zéro.
Les groupes positifs (N-terminal, His, Lys, Arg) contribuent 1/(1+10^(pH−pKa)) et les groupes négatifs (C-terminal, Asp, Glu, Cys, Tyr) contribuent −1/(1+10^(pKa−pH)). Le pI est une estimation théorique ; les valeurs réelles varient avec la température, la force ionique et les modifications post-traductionnelles, que cette méthode fondée sur la seule séquence ne modélise pas.