Calculateur de température de fusion d'amorce (Tm)
Estimez la température de fusion d'une amorce PCR avec la règle de Wallace ou une formule ajustée au sel, plus le GC% et la température d'hybridation.
Le Tm est la température à laquelle la moitié de l'amorce est hybridée ; la température d'hybridation est un point de départ PCR suggéré.
À propos de cet outil
Saisissez une séquence d'amorce pour estimer sa température de fusion (Tm), la température à laquelle la moitié du duplex est simple brin. La séquence est mise en majuscules et réduite à A, C, G, T et U avant le comptage des bases. Tout est calculé dans votre navigateur.
La méthode de base utilise la règle de Wallace pour les amorces courtes (moins de 14 nucléotides) : Tm = 2 × (A + T) + 4 × (G + C). Pour les amorces de 14 bases ou plus, elle passe à la formule basée sur le GC : Tm = 64,9 + 41 × (GC − 16,4) / longueur. La méthode ajustée au sel applique Tm = 81,5 + 0,41 × GC% − 675 / longueur + 16,6 × log10([Na⁺]), où la concentration en sodium est saisie en millimolaire, pour tenir compte des conditions de tampon.
Une température d'hybridation suggérée d'environ Tm − 5 °C est fournie comme point de départ pratique pour la PCR, ainsi que le GC% et la longueur de l'amorce. Par exemple, l'octamère ATGCATGC (4 A/T et 4 G/C) donne un Tm de Wallace de 2×4 + 4×4 = 24 °C.
Foire aux questions
Quand la règle de Wallace est-elle utilisée ?
La méthode de base applique la règle de Wallace, Tm = 2(A+T) + 4(G+C), aux amorces de moins de 14 nucléotides. À 14 bases ou plus, elle utilise plutôt la formule basée sur le GC, plus précise.
Qu'apporte la méthode ajustée au sel ?
Elle corrige le Tm en fonction de la concentration en ions sodium du tampon de réaction à l'aide d'un terme logarithmique, puisqu'un sel plus élevé stabilise le duplex et augmente la température de fusion.
Comment la température d'hybridation est-elle choisie ?
Une règle courante fixe la température d'hybridation PCR à environ 5 °C sous le Tm de l'amorce. C'est un point de départ que vous pouvez optimiser expérimentalement.
Ces valeurs sont-elles exactes ?
Non. Ce sont des approximations sans modèle des plus proches voisins, utiles pour des estimations rapides. Pour un travail critique, utilisez un modèle thermodynamique complet des plus proches voisins avec vos concentrations exactes en sel et en amorce.