이 도구에 대하여
프라이머 서열을 입력하여 융해 온도(Tm), 즉 이중가닥의 절반이 단일가닥이 되는 온도를 추정하세요. 서열은 염기를 세기 전에 대문자로 바뀌고 A, C, G, T, U로 축소됩니다. 모든 계산은 브라우저에서 수행됩니다.
기본 방법은 짧은 프라이머(14 뉴클레오타이드 미만)에 Wallace 규칙을 사용합니다: Tm = 2 × (A + T) + 4 × (G + C). 14 염기 이상의 프라이머에는 GC 기반 공식 Tm = 64.9 + 41 × (GC − 16.4) / 길이로 전환됩니다. 염 보정 방법은 Tm = 81.5 + 0.41 × GC% − 675 / 길이 + 16.6 × log10([Na⁺])를 적용하며, 여기서 나트륨 농도는 밀리몰 단위로 입력되어 완충액 조건을 반영합니다.
약 Tm − 5 °C의 권장 어닐링 온도가 PCR의 실용적 출발점으로 제공되며, 프라이머의 GC%와 길이도 함께 제공됩니다. 예를 들어 8-mer ATGCATGC(A/T 4개, G/C 4개)는 Wallace Tm으로 2×4 + 4×4 = 24 °C를 줍니다.
자주 묻는 질문
Wallace 규칙은 언제 사용되나요?
기본 방법은 14 뉴클레오타이드보다 짧은 프라이머에 Wallace 규칙 Tm = 2(A+T) + 4(G+C)를 적용합니다. 14 염기 이상에서는 더 정확한 GC 기반 공식을 대신 사용합니다.
염 보정 방법은 무엇을 추가하나요?
높은 염 농도가 이중가닥을 안정시키고 융해 온도를 높이므로, 로그 항을 사용해 반응 완충액의 나트륨 이온 농도에 대해 Tm을 보정합니다.
어닐링 온도는 어떻게 선택되나요?
일반적인 경험 법칙은 PCR 어닐링 온도를 프라이머 Tm보다 약 5 °C 낮게 설정합니다. 이는 출발점이며 실험적으로 최적화할 수 있습니다.
이 값들은 정확한가요?
아니요. 이들은 최근접 이웃을 고려하지 않은 근사값으로 빠른 추정에 유용합니다. 중요한 작업에는 정확한 염 및 프라이머 농도로 완전한 최근접 이웃 열역학 모델을 사용하세요.