Sobre esta ferramenta
Insira uma sequência de primer para estimar sua temperatura de fusão (Tm), a temperatura na qual metade do dúplex está em fita simples. A sequência é convertida para maiúsculas e reduzida a A, C, G, T e U antes de as bases serem contadas. Tudo é calculado no seu navegador.
O método básico usa a regra de Wallace para primers curtos (com menos de 14 nucleotídeos): Tm = 2 × (A + T) + 4 × (G + C). Para primers de 14 bases ou mais, ele muda para a fórmula baseada em GC Tm = 64.9 + 41 × (GC − 16.4) / comprimento. O método ajustado por sal aplica Tm = 81.5 + 0.41 × GC% − 675 / comprimento + 16.6 × log10([Na⁺]), onde a concentração de sódio é inserida em milimolar, para levar em conta as condições do tampão.
Uma temperatura de anelamento sugerida de cerca de Tm − 5 °C é fornecida como um ponto de partida prático para PCR, junto com o GC% e o comprimento do primer. Por exemplo, o octâmero ATGCATGC (4 A/T e 4 G/C) dá um Tm de Wallace de 2×4 + 4×4 = 24 °C.