このツールについて
プライマー配列を入力すると、その融解温度（Tm）— 二本鎖の半分が一本鎖になる温度 — を推定します。配列は大文字化され、塩基がカウントされる前に A, C, G, T, U に絞り込まれます。すべてブラウザ内で計算されます。
基本的な方法は、短いプライマー（14 ヌクレオチド未満）にウォレスの法則を用います：Tm = 2 × (A + T) + 4 × (G + C)。14 塩基以上のプライマーには GC ベースの式 Tm = 64.9 + 41 × (GC − 16.4) / 長さ に切り替わります。塩濃度補正法は Tm = 81.5 + 0.41 × GC% − 675 / 長さ + 16.6 × log10([Na⁺]) を適用し、ナトリウム濃度をミリモル単位で入力してバッファー条件を考慮します。
おおよそ Tm − 5 °C の推奨アニーリング温度が、PCR の実用的な出発点として提供され、プライマーの GC% と長さも表示されます。例えば、8 塩基の ATGCATGC（A/T が4つ、G/C が4つ）はウォレスの Tm が 2×4 + 4×4 = 24 °C になります。
よくある質問
ウォレスの法則はいつ使われますか？
基本的な方法は、14 ヌクレオチド未満のプライマーにウォレスの法則 Tm = 2(A+T) + 4(G+C) を適用します。14 塩基以上では、より正確な GC ベースの式が代わりに使われます。
塩濃度補正法は何を加えますか？
塩濃度が高いほど二本鎖が安定して融解温度が上がるため、対数項を用いて反応バッファーのナトリウムイオン濃度に対して Tm を補正します。
アニーリング温度はどのように選ばれますか？
一般的な目安では、PCR のアニーリング温度をプライマー Tm より約 5 °C 低く設定します。これは出発点であり、実験的に最適化してもよいでしょう。
これらの値は正確ですか？
いいえ。これらは最近接塩基を考慮しない近似で、素早い推定に役立ちます。重要な作業には、正確な塩濃度とプライマー濃度を用いた完全な最近接塩基熱力学モデルを使ってください。