Over deze tool
Voer een primersequentie in om de smelttemperatuur (Tm) te schatten, de temperatuur waarbij de helft van de duplex enkelstrengs is. De sequentie wordt naar hoofdletters omgezet en teruggebracht tot A, C, G, T en U voordat de basen worden geteld. Alles wordt in je browser berekend.
De basismethode gebruikt de Wallace-regel voor korte primers (onder 14 nucleotiden): Tm = 2 × (A + T) + 4 × (G + C). Voor primers van 14 basen of meer schakelt hij over naar de GC-gebaseerde formule Tm = 64,9 + 41 × (GC − 16,4) / lengte. De zoutgecorrigeerde methode past Tm = 81,5 + 0,41 × GC% − 675 / lengte + 16,6 × log10([Na⁺]) toe, waarbij de natriumconcentratie in millimolair wordt ingevoerd, om rekening te houden met de buffercondities.
Een voorgestelde annealingtemperatuur van ongeveer Tm − 5 °C wordt gegeven als een praktisch uitgangspunt voor PCR, samen met het GC% en de lengte van de primer. Zo geeft de 8-mer ATGCATGC (4 A/T en 4 G/C) een Wallace-Tm van 2×4 + 4×4 = 24 °C.