UTILS.
‎100%‎ داخل المتصفح
🌡️

حاسبة درجة حرارة انصهار البادئة (Tm)

قدِّر درجة حرارة انصهار بادئة PCR بقاعدة والاس أو صيغة معدَّلة للملح، مع GC% ودرجة حرارة التلدين.

Tm هي الدرجة التي يتهجَّن عندها نصف البادئة؛ ودرجة حرارة التلدين هي نقطة انطلاق مقترحة لـ PCR.

حول هذه الأداة

أدخل تسلسل بادئة لتقدير درجة حرارة انصهارها (Tm)، وهي الدرجة التي يصبح عندها نصف المزدوج أحادي الشريط. يُحوَّل التسلسل إلى أحرف كبيرة ويُختزَل إلى A و C و G و T و U قبل إحصاء القواعد. كل شيء يُحسَب داخل متصفحك.

تستخدم الطريقة الأساسية قاعدة والاس للبادئات القصيرة (أقل من 14 نيوكليوتيد): Tm = 2 × (A + T) + 4 × (G + C). أما للبادئات المكوَّنة من 14 قاعدة أو أكثر فتتحول إلى الصيغة المعتمِدة على GC وهي Tm = 64.9 + 41 × (GC − 16.4) / الطول. وتطبِّق الطريقة المعدَّلة للملح Tm = 81.5 + 0.41 × GC% − 675 / الطول + 16.6 × log10([Na⁺])، حيث يُدخَل تركيز الصوديوم بالملّي مولار، لأخذ ظروف المحلول المنظم في الاعتبار.

تُقدَّم درجة حرارة تلدين مقترحة تبلغ نحو Tm − 5 °C كنقطة انطلاق عملية لـ PCR، إلى جانب GC% البادئة وطولها. على سبيل المثال، البادئة المكوَّنة من 8 قواعد ATGCATGC (4 من A/T و 4 من G/C) تعطي Tm بقاعدة والاس قدره 2×4 + 4×4 = 24 °C.

الأسئلة الشائعة

متى تُستخدَم قاعدة والاس؟
تطبِّق الطريقة الأساسية قاعدة والاس، Tm = 2(A+T) + 4(G+C)، على البادئات الأقصر من 14 نيوكليوتيد. وعند 14 قاعدة أو أطول تستخدم بدلاً منها الصيغة الأدق المعتمِدة على GC.
ماذا تضيف الطريقة المعدَّلة للملح؟
تصحِّح Tm بحسب تركيز أيون الصوديوم في المحلول المنظم للتفاعل باستخدام حد لوغاريتمي، لأن الملح الأعلى يثبِّت المزدوج ويرفع درجة حرارة الانصهار.
كيف تُختار درجة حرارة التلدين؟
قاعدة شائعة تجعل درجة حرارة تلدين PCR أدنى بنحو 5 °C من Tm البادئة. إنها نقطة انطلاق قد تحسِّنها تجريبياً.
هل هذه القيم دقيقة؟
لا. هذه تقديرات خالية من الجار الأقرب مفيدة للتقديرات السريعة. للأعمال الحرجة استخدم نموذجاً ديناميكياً حرارياً كاملاً بالجار الأقرب مع تركيزات الملح والبادئة الدقيقة لديك.

المزيد من الأدوات