Calculadora de temperatura de fusión (Tm) de cebadores
Estima la temperatura de fusión de cebadores de PCR con la regla de Wallace o una fórmula ajustada por sales, más GC% y temperatura de hibridación.
La Tm es la temperatura a la que la mitad del cebador está hibridado; la temperatura de hibridación es un punto de partida sugerido para la PCR.
Acerca de esta herramienta
Introduce una secuencia de cebador para estimar su temperatura de fusión (Tm), la temperatura a la que la mitad del dúplex es monocatenaria. La secuencia se pasa a mayúsculas y se reduce a A, C, G, T y U antes de contar las bases. Todo se calcula en tu navegador.
El método básico usa la regla de Wallace para cebadores cortos (menos de 14 nucleótidos): Tm = 2 × (A + T) + 4 × (G + C). Para cebadores de 14 bases o más cambia a la fórmula basada en GC Tm = 64.9 + 41 × (GC − 16.4) / longitud. El método ajustado por sales aplica Tm = 81.5 + 0.41 × GC% − 675 / longitud + 16.6 × log10([Na⁺]), donde la concentración de sodio se introduce en milimolar, para tener en cuenta las condiciones del tampón.
Se proporciona una temperatura de hibridación sugerida de aproximadamente Tm − 5 °C como punto de partida práctico para la PCR, junto con el GC% y la longitud del cebador. Por ejemplo, el 8-mero ATGCATGC (4 A/T y 4 G/C) da una Tm de Wallace de 2×4 + 4×4 = 24 °C.
Preguntas frecuentes
¿Cuándo se usa la regla de Wallace?
El método básico aplica la regla de Wallace, Tm = 2(A+T) + 4(G+C), a cebadores de menos de 14 nucleótidos. A 14 bases o más usa en su lugar la fórmula basada en GC, más precisa.
¿Qué añade el método ajustado por sales?
Corrige la Tm según la concentración de iones sodio del tampón de reacción mediante un término logarítmico, ya que una mayor concentración de sales estabiliza el dúplex y eleva la temperatura de fusión.
¿Cómo se elige la temperatura de hibridación?
Una regla práctica común fija la temperatura de hibridación de la PCR unos 5 °C por debajo de la Tm del cebador. Es un punto de partida que puedes optimizar experimentalmente.
¿Son exactos estos valores?
No. Son aproximaciones sin vecino más próximo, útiles para estimaciones rápidas. Para trabajo crítico usa un modelo termodinámico completo de vecino más próximo con tus concentraciones exactas de sal y cebador.