关于此工具
蛋白质分子量与 pI 计算器是一款免费的浏览器内工具,可根据单字母氨基酸序列计算蛋白质或肽的分子量和理论等电点。粘贴序列,它就会返回以道尔顿和千道尔顿计的重量、以残基计的长度、估算的 pI 以及氨基酸组成。所有计算都在你的浏览器本地进行,序列绝不会被发送到任何地方。
分子量是 20 种标准平均残基质量之和(例如 Ala 71.08、Gly 57.05、Trp 186.21 Da),再加上游离 N 端和 C 端的 18.02 Da 水。等电点的求法是用亨德森-哈塞尔巴赫方程把净电荷写成 pH 的函数,遍及可电离基团——N 端、C 端以及 Asp、Glu、Cys、Tyr、His、Lys 和 Arg 的侧链——采用标准 pKa 值,然后在 0 到 14 之间对 pH 进行二分,直到净电荷跨过零。
正电基团(N 端、His、Lys、Arg)贡献 1/(1+10^(pH−pKa)),负电基团(C 端、Asp、Glu、Cys、Tyr)贡献 −1/(1+10^(pKa−pH))。pI 是理论估计值;真实值会随温度、离子强度和翻译后修饰而变化,而这种仅基于序列的方法并不对其建模。
常见问题
分子量是如何计算的?
它把序列中 20 种氨基酸的平均残基质量相加,再加上末端水的 18.02 Da,得到以道尔顿计的平均分子量;除以 1000 即得千道尔顿。
等电点是如何求得的?
净电荷被写成遍及可电离基团的亨德森-哈塞尔巴赫各项之和,采用标准 pKa 值,然后在 0 到 14 之间对 pH 二分,找到净电荷等于零之处——该 pH 即为 pI。
哪些基团影响 pI?
N 端和 C 端,加上天冬氨酸(D)、谷氨酸(E)、半胱氨酸(C)、酪氨酸(Y)、组氨酸(H)、赖氨酸(K)和精氨酸(R)的侧链。它们的数量和 pKa 值决定净电荷在何处跨过零。
估算的 pI 有多准确?
它是仅凭序列得出的理论值,通常与实测值相差几分之一个 pH 单位。它忽略三维结构、修饰、温度和离子强度,因此请将其当作参考。