UTILS.
ทำงานในเบราว์เซอร์ 100%
📊

เครื่องคำนวณน้ำหนักโมเลกุลโปรตีนและ pI

คำนวณน้ำหนักโมเลกุลของโปรตีนเป็น Da/kDa และจุดไอโซอิเล็กทริก (pI) จากลำดับกรดอะมิโนแบบตัวอักษรเดียว

เกี่ยวกับเครื่องมือนี้

เครื่องคำนวณน้ำหนักโมเลกุลโปรตีนและ pI เป็นเครื่องมือฟรีที่ทำงานในเบราว์เซอร์ ซึ่งคำนวณน้ำหนักโมเลกุลและจุดไอโซอิเล็กทริกเชิงทฤษฎีของโปรตีนหรือเพปไทด์จากลำดับกรดอะมิโนแบบตัวอักษรเดียว วางลำดับแล้วมันจะคืนน้ำหนักเป็นดาลตันและกิโลดาลตัน ความยาวเป็นจำนวนกรดอะมิโน pI ที่ประมาณได้ และองค์ประกอบกรดอะมิโน การคำนวณทั้งหมดเกิดขึ้นในเบราว์เซอร์ของคุณและลำดับไม่เคยถูกส่งไปที่ใด

น้ำหนักโมเลกุลคือผลรวมของมวลกรดอะมิโนเฉลี่ยมาตรฐาน 20 ชนิด (เช่น Ala 71.08, Gly 57.05, Trp 186.21 Da) บวกน้ำ 18.02 Da สำหรับปลาย N และ C ที่เป็นอิสระ จุดไอโซอิเล็กทริกหาได้โดยเขียนประจุสุทธิเป็นฟังก์ชันของ pH ด้วยสมการ Henderson–Hasselbalch เหนือกลุ่มที่แตกตัวเป็นไอออนได้ ได้แก่ ปลาย N ปลาย C และหมู่ข้างเคียงของ Asp, Glu, Cys, Tyr, His, Lys และ Arg โดยใช้ค่า pKa มาตรฐาน จากนั้นแบ่งครึ่ง pH ระหว่าง 0 ถึง 14 จนกว่าประจุสุทธิจะข้ามศูนย์

หมู่ที่เป็นบวก (ปลาย N, His, Lys, Arg) มีส่วน 1/(1+10^(pH−pKa)) และหมู่ที่เป็นลบ (ปลาย C, Asp, Glu, Cys, Tyr) มีส่วน −1/(1+10^(pKa−pH)) ค่า pI เป็นการประมาณเชิงทฤษฎี ค่าจริงจะเปลี่ยนตามอุณหภูมิ ความเข้มข้นไอออน และการดัดแปลงหลังการแปลรหัส ซึ่งวิธีที่ใช้ลำดับอย่างเดียวนี้ไม่ได้จำลอง

คำถามที่พบบ่อย

น้ำหนักโมเลกุลคำนวณอย่างไร?
มันรวมมวลกรดอะมิโนเฉลี่ยของกรดอะมิโน 20 ชนิดในลำดับของคุณและบวก 18.02 Da สำหรับน้ำที่ปลาย ให้น้ำหนักโมเลกุลเฉลี่ยเป็นดาลตัน การหารด้วย 1000 ให้กิโลดาลตัน
จุดไอโซอิเล็กทริกหาได้อย่างไร?
ประจุสุทธิถูกเขียนเป็นผลรวมของเทอม Henderson–Hasselbalch เหนือกลุ่มที่แตกตัวเป็นไอออนได้โดยใช้ค่า pKa มาตรฐาน จากนั้น pH ถูกแบ่งครึ่งระหว่าง 0 ถึง 14 เพื่อหาที่ที่ประจุสุทธิเท่ากับศูนย์ pH นั้นคือ pI
หมู่ใดมีผลต่อ pI?
ปลาย N และปลาย C บวกหมู่ข้างเคียงของแอสปาร์เตต (D), กลูตาเมต (E), ซิสเทอีน (C), ไทโรซีน (Y), ฮิสทิดีน (H), ไลซีน (K) และอาร์จินีน (R) จำนวนและค่า pKa ของพวกมันกำหนดว่าประจุสุทธิข้ามศูนย์ที่ใด
pI ที่ประมาณได้แม่นยำเพียงใด?
มันเป็นค่าเชิงทฤษฎีจากลำดับอย่างเดียวและโดยทั่วไปอยู่ภายในไม่กี่ในสิบของหน่วย pH จากค่าที่วัดได้ มันละเว้นโครงสร้าง 3 มิติ การดัดแปลง อุณหภูมิ และความเข้มข้นไอออน จึงควรใช้เป็นแนวทาง

เครื่องมือเพิ่มเติม