Về công cụ này
Dán một trình tự DNA hoặc RNA để đo thành phần base của nó. Trình tự được viết hoa và rút gọn về A, C, G, T và U, rồi mỗi base được đếm. Mọi thứ được tính cục bộ trong trình duyệt của bạn.
Hàm lượng GC là tỉ lệ base là guanine hoặc cytosine: GC% = (G + C) / tổng × 100. Hàm lượng AT đơn giản là 100 − GC%. Độ lệch GC, được định nghĩa là (G − C) / (G + C), cho biết độ lệch mạch và thường được dùng để định vị các điểm khởi đầu sao chép. Số lượng base và tổng chiều dài được báo cáo cùng với các con số này.
Một kích thước cửa sổ tùy chọn chia trình tự thành các đoạn liên tiếp và liệt kê GC% cục bộ của mỗi đoạn, giúp bạn phát hiện các vùng giàu hoặc nghèo GC. Ví dụ trình tự GGCC là 100% GC, trong khi một trình tự cân bằng nằm gần 50%.
Câu hỏi thường gặp
Hàm lượng GC được tính thế nào?
Đó là số base G và C chia cho tổng số base, biểu thị dưới dạng phần trăm: GC% = (G + C) / chiều dài × 100. Hàm lượng AT là phần còn lại 100 − GC%.
Độ lệch GC là gì?
Độ lệch GC là (G − C) / (G + C). Giá trị lớn hơn không nghĩa là có nhiều guanine hơn cytosine trên mạch đó; nó thường được dùng để giúp xác định các điểm khởi đầu và kết thúc sao chép.
Kích thước cửa sổ làm gì?
Nó chia trình tự thành các khối liên tiếp có chiều dài đó và báo cáo GC% của mỗi khối, để bạn có thể thấy hàm lượng GC thay đổi thế nào dọc theo trình tự.
Nó có hoạt động với RNA không?
Có. Uracil (U) được đếm cùng với thymine (T), nên cả trình tự RNA và DNA đều cho phần trăm GC và AT chính xác.