UTILS.
۱۰۰٪ در مرورگر
📊

ماشین‌حساب محتوای GC

محتوای GC و AT، شمارش بازها، انحراف GC و درصد GC محلی پنجره لغزان اختیاری را برای یک توالی DNA یا RNA محاسبه کنید.

درباره این ابزار

یک توالی DNA یا RNA را جای‌گذاری کنید تا ترکیب باز آن اندازه‌گیری شود. توالی به حروف بزرگ تبدیل و به A، C، G، T و U کاهش می‌یابد، سپس هر باز شمارش می‌شود. همه چیز به‌صورت محلی در مرورگر شما محاسبه می‌شود.

محتوای GC کسری از بازها است که گوانین یا سیتوزین هستند: GC% = (G + C) / کل × 100. محتوای AT به‌سادگی 100 − GC% است. انحراف GC، که به‌صورت (G − C) / (G + C) تعریف می‌شود، سوگیری رشته را نشان می‌دهد و اغلب برای یافتن منشأ همانندسازی استفاده می‌شود. شمارش بازها و طول کل در کنار این ارقام گزارش می‌شوند.

یک اندازه پنجره اختیاری توالی را به بخش‌های متوالی تقسیم می‌کند و درصد GC محلی هر یک را فهرست می‌کند، که به شما کمک می‌کند نواحی غنی از GC یا فقیر از GC را شناسایی کنید. برای مثال توالی GGCC صد درصد GC است، در حالی که یک توالی متعادل نزدیک ۵۰٪ قرار می‌گیرد.

پرسش‌های پرتکرار

محتوای GC چگونه محاسبه می‌شود؟
این تعداد بازهای G و C تقسیم بر تعداد کل بازها است که به‌صورت درصد بیان می‌شود: GC% = (G + C) / طول × 100. محتوای AT برابر با باقی‌مانده 100 − GC% است.
انحراف GC چیست؟
انحراف GC برابر با (G − C) / (G + C) است. مقدار بالای صفر یعنی گوانین بیشتر از سیتوزین در آن رشته است؛ معمولاً برای کمک به شناسایی منشأ و پایانه‌های همانندسازی استفاده می‌شود.
اندازه پنجره چه می‌کند؟
توالی را به بلوک‌های متوالی با آن طول تقسیم می‌کند و درصد GC هر بلوک را گزارش می‌دهد، بنابراین می‌توانید ببینید محتوای GC چگونه در طول توالی تغییر می‌کند.
آیا برای RNA کار می‌کند؟
بله. اوراسیل (U) همراه با تیمین (T) شمارش می‌شود، بنابراین هر دو توالی RNA و DNA درصدهای GC و AT درست را می‌دهند.

ابزارهای بیشتر