UTILS.
100% в браузере
📊

Калькулятор GC-состава

Вычислите GC- и AT-состав, количество оснований, GC-скос и опциональный локальный GC% в скользящем окне для последовательности ДНК или РНК.

Об этом инструменте

Вставьте последовательность ДНК или РНК, чтобы измерить её нуклеотидный состав. Последовательность приводится к верхнему регистру и сводится к A, C, G, T и U, затем подсчитывается каждое основание. Всё вычисляется локально в вашем браузере.

GC-состав — это доля оснований, являющихся гуанином или цитозином: GC% = (G + C) / всего × 100. AT-состав — это просто 100 − GC%. GC-скос, определяемый как (G − C) / (G + C), указывает на смещение цепи и часто используется для локализации точек начала репликации. Количества оснований и общая длина сообщаются наряду с этими показателями.

Опциональный размер окна разбивает последовательность на последовательные сегменты и перечисляет локальный GC% каждого, что помогает выявить GC-богатые или GC-бедные области. Например, последовательность GGCC имеет 100% GC, тогда как сбалансированная последовательность находится около 50%.

Часто задаваемые вопросы

Как вычисляется GC-состав?
Это количество оснований G и C, делённое на общее количество оснований, выраженное в процентах: GC% = (G + C) / длина × 100. AT-состав — это оставшиеся 100 − GC%.
Что такое GC-скос?
GC-скос — это (G − C) / (G + C). Значение выше нуля означает, что гуанина больше, чем цитозина, на этой цепи; он обычно используется для помощи в идентификации точек начала и окончания репликации.
Что делает размер окна?
Он делит последовательность на последовательные блоки этой длины и сообщает GC% каждого блока, чтобы вы могли видеть, как GC-состав меняется вдоль последовательности.
Работает ли это для РНК?
Да. Урацил (U) подсчитывается вместе с тимином (T), поэтому и РНК-, и ДНК-последовательности дают корректные проценты GC и AT.

Больше инструментов