UTILS.
100% у браузері
📊

Калькулятор GC-складу

Обчисліть GC- та AT-склад, кількість основ, GC-перекос і за бажанням локальний GC% у ковзному вікні для послідовності DNA або RNA.

Про цей інструмент

Вставте послідовність DNA або RNA, щоб виміряти її склад основ. Послідовність переводиться у верхній регістр і зводиться до A, C, G, T та U, потім кожна основа підраховується. Усе обчислюється локально у вашому браузері.

GC-склад — це частка основ, які є гуаніном або цитозином: GC% = (G + C) / загальна × 100. AT-склад — це просто 100 − GC%. GC-перекос, визначений як (G − C) / (G + C), вказує на зсув ланцюга і часто використовується для локалізації точок початку реплікації. Кількість основ і загальна довжина повідомляються поряд із цими показниками.

Необов'язковий розмір вікна розбиває послідовність на послідовні сегменти й перелічує локальний GC% кожного, що допомагає виявити GC-багаті чи GC-бідні ділянки. Наприклад, послідовність GGCC має 100% GC, тоді як збалансована послідовність тримається біля 50%.

Поширені запитання

Як обчислюється GC-склад?
Це кількість основ G і C, поділена на загальну кількість основ, виражена у відсотках: GC% = (G + C) / довжина × 100. AT-склад — це решта 100 − GC%.
Що таке GC-перекос?
GC-перекос — це (G − C) / (G + C). Значення вище нуля означає більше гуаніну, ніж цитозину на цьому ланцюгу; він зазвичай використовується для допомоги в ідентифікації точок початку та завершення реплікації.
Що робить розмір вікна?
Він ділить послідовність на послідовні блоки такої довжини й повідомляє GC% кожного блоку, тож ви можете побачити, як GC-склад змінюється вздовж послідовності.
Чи працює це для RNA?
Так. Урацил (U) підраховується разом із тиміном (T), тож і RNA-, і DNA-послідовності дають правильні відсотки GC та AT.

Більше інструментів